Shin Tae-yong Dipecat dari Kursi Pelatih Ulsan HD, Berbarengan dengan Kekalahan Timnas Indonesia

Oleh karena itu, ia meninggalkan timnas senior untuk berkonsentrasi pada timnas U-20. Di Piala Dunia, Korea Selatan finis di posisi kedua grup dengan 6 poin dan lolos ke babak gugur, tetapi kalah dari Portugal di babak 16 besar. 

Setelah Shin meninggalkan tim senior Korea Selatan, Stielike membuat hasil buruk dalam kualifikasi Piala Dunia FIFA 2018 dan akhirnya dipecat oleh Asosiasi Sepak Bola Korea.

Pada tanggal 4 Juli 2017, Shin menjadi manajer tim senior untuk menggantikan Stielike. Pada bulan Desember, ia memenangkan Kejuaraan Sepak Bola EAFF E-1 2017 , mengalahkan musuh bebuyutan Jepang di pertandingan final 4-1.

Meskipun dua kali seri tanpa gol, Korea Selatan di bawah Shin juga memperoleh kualifikasi ke Piala Dunia FIFA 2018 di Rusia . Mereka diundi dalam grup yang sama melawan Swedia , Meksiko dan juara bertahan Jerman . Korea Selatan kalah 1-0 dari Swedia dan 2-1 dari Meksiko, tetapi mengejutkan semua orang dengan mengalahkan Jerman 2-0. 

Pada 28 Desember 2019, Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia (PSSI) mengonfirmasi penunjukan Shin sebagai manajer tim nasional Indonesia , menggantikan Simon McMenemy yang dipecat.

Ia diberi kontrak berdurasi 4 tahun, sekaligus menjadi orang Korea Selatan pertama dalam sejarah kepelatihan Indonesia. 

Awal Shin di Indonesia tidak baik dengan Indonesia kalah 4-0 dan 5-0 dari Vietnam dan Uni Emirat Arab , masing-masing, di babak kedua kualifikasi Piala Dunia 2022.

Setelah kualifikasi Piala Dunia, ia memimpin Indonesia dengan rata-rata usia skuad 23,8 tahun ke final Kejuaraan AFF 2020. Pada bulan Juni 2022, ia memimpin Indonesia lolos ke Piala Asia AFC 2023 , mengakhiri absennya Indonesia selama 16 tahun dari kompetisi tersebut, setelah menang 2-1 melawan Kuwait dan kemenangan telak 7-0 melawan Nepal pada pertandingan terakhir untuk memastikan kualifikasi.

Menjelang Piala Asia AFC U-20 2023 yang dijadwalkan digelar pada Maret 2023, permintaan Shin untuk membawa sejumlah pemain Persija Jakarta dan Persib Bandung ditolak oleh manajer mereka, Thomas Doll dan Luis Milla .

Para pemain tersebut dipanggil untuk mengikuti pemusatan latihan guna mempersiapkan penampilan kedua timnas di turnamen tersebut. Shin absen dalam pertemuan virtual dengan manajemen Persija, hal yang disesalkan Doll.

Sembilan pemain Doll dipanggil dan ditolak karena mereka sedang bersaing memperebutkan gelar juara liga. 

Shin menjadi pelatih pertama yang berhasil membawa timnas Indonesia dalam tiga jenjang usia yakni senior, U-23 , dan U-20 yang semuanya lolos ke Piala Asia AFC di levelnya masing-masing, dengan tim U-23 lolos ke Piala Asia AFC U-23 untuk pertama kalinya.

Pada bulan April 2024, Indonesia berpartisipasi dalam Piala Asia AFC U-23 2024 , melakukan debut mereka dalam kompetisi tersebut. Indonesia berada di Grup B bersama kekuatan-kekuatan Asia, Australia , Yordania , dan tuan rumah Qatar.

Meskipun kalah 2-0 yang kontroversial dari Qatar, di mana wasit tampaknya bersikap ramah terhadap tuan rumah, Indonesia berhasil melaju ke perempat final sebagai runner-up grup setelah menang 1-0 atas Australia, dan 4-1 atas Yordania.

Setelah memenuhi dua target yang ditetapkan oleh PSSI yaitu mencapai babak sistem gugur di Piala Asia dan Piala Asia U-23, pada tanggal 25 April, presiden PSSI Erick Thohir mengumumkan bahwa kontrak Shin secara resmi diperpanjang hingga tahun 2027.